司法实践中，对于吸毒者(或代购者)在运输毒品过程中被查获，没有证据证明其实施了其他毒品犯罪行为，是定非法持有毒品罪，还是定运输毒品罪，有着不同的意见，相关司法性文件中的处理结果也不尽相同。如 2000年《 南宁会议纪要》 中规定：“ 吸毒者在购买、运输、存储毒品过程中被抓获的，如没有证据证明被告人实施了其他毒品犯罪行为，一般不应定罪处罚，但查获的毒品数量较大的，应当以非法持有毒品罪定罪；毒品数量未超过刑法第 348 条规定的数量最低标准的，不定罪处罚。”2008年《大连会议纪要》规定：“吸毒者在购买、运输、存储毒品过程中被查获的，如没有证据证明其是为了实施贩卖等其他毒品犯罪行为，毒品数量未超过刑法348条规定的最低数量标准的，一般不定罪处罚；查获毒品数量达到较大以上的，应以其实际实施的毒品犯罪行为定罪处罚。”其后，《全国部分法院审理毒品犯罪案件工作座谈会纪要的理解与适用》认为：“如果其被查获毒品数量较大，达到刑法 348 条规定的最低数量标准的，应当以非法持有毒品罪定罪处罚；如果吸毒者在运输毒品过程中被当场查获，毒品数量大，明显超出其个人正常吸食量的，可以运输毒品罪定罪处罚。”从以上的规定中可以看出，《南宁会议纪要》《大连会议纪要》以及《理解与适用》对这种案例的处理结果是不尽相同的。《南宁会议纪要》认为，查获毒品数量较大且没有实施其他毒品犯罪证据的，构成非法持有毒品罪。《大连会议纪要》则认为，查获毒品数量达到较大以上的，可以定运输、非法持有等罪名。《理解与适用》认为，数量较大以上的应定非法持有毒品罪；如果在运输过程中被当场查获，数量大，明显超出其个人正常吸食量的，定运输毒品罪。有人针对《理解与适用》中“数量大”“正常吸食量”等提出疑问，认为没有明确规定，司法实践中不好操作。
对此，我们认为，区分非法持有毒品罪和运输毒品罪的的关键应在于：其一，准确理解“持有”的含义；其二，正确理解“运输”的刑法含义。只有将二者结合起来，才能明确两罪的本质特征及在某些特殊情形下的区别。
非法持有毒品是毒品类型犯罪中基本的犯罪形态，当行为人的走私、贩卖、运输、制造毒品行为的主观目的无法查明的时候，兜底性的用以追究其非法持有毒品罪的刑事责任。非法持有毒品罪是毒品犯罪中较为特殊的犯罪形式，在犯罪构成上对行为人主观故意的内容要求较低，在一定程度上包含了客观归罪的成分，也体现了“ 疑案从轻” 的原则。行为人在走私、贩卖、运输、制造毒品的过程中，必然存在非法持有毒品的行为，根据罪数形态相关理论，这属于典型的吸收犯，对于其非法持有毒品的行为，没有追究刑事责任的必要，以走私、贩卖、运输、制造毒品罪论处即可。最高人民法院《关于执行< 禁毒的决定> 的若干问题的解释》中明确，所谓“持有”，是指占有、携有、藏有或者以其他方式持有毒品的行为。关于持有的法律属性，国内外学者普遍认为，持有是与作为、不作为相并列的第三种犯罪态样。持有不属于行为，而属于事态。事态，即事物的状态，它与行为不是一个层次上的概念。非法持有毒品应当包含静态的持有，如将毒品藏在某个地方；也包括动态的持有，如行为人携带毒品在交通工具上，从甲地到乙地，具有空间位移的情形。行为人对毒品要有事实上的支配能力，包括静态和动态意义上的。它不要求行为人对所持有的毒品具有所有权，也不要求行为人将毒品握在手中或放在身上。该解释还明确，“运输”是一种非法运送行为，赋予运输毒品罪的“ 运输” 以特殊的刑法含义，即只有为了贩卖、 走私毒品或者以其他方式扩散毒品，或者为了帮助他人贩卖、走私毒品或者以其他方式扩散毒品而将毒品从甲地带至乙地的行为才能成为本罪所称的“运输”。刑法中运输毒品行为是与走私、贩卖、制造毒品行为排列规定在一起，供选择使用的罪名，从立法本意来看，应当认为其社会危害性与其他三种行为的危害性相当，因此，处罚标准才能一致。 换言之，只有当运输毒品成为走私、贩卖、制造毒品一个必不可少的中间环节时，即缺少运输毒品就无法实施走私、贩卖、制造毒品时，运输毒品才具有与走私、贩卖、制造毒品相当的危害性，才可以同罚。而出于其他目的运输毒品时，比如出于吸食、窝藏目的而移动毒品，其行为的社会危害性显然要低于走私、 贩卖、 制造毒品的危害性，不能认定为运输毒品罪。
因此，非法持有毒品罪和运输毒品罪的主要区别表现在，持有毒品行为人的主观方面无法证明是非法持有毒品罪成立的必要条件，也是和运输毒品罪区别的重要标志。非法持有毒品罪是运输毒品罪的补充罪名，只有行为人不以进行运输毒品犯罪为目的或者作为运输毒品犯罪的延续而存在时，才能以非法持有毒品罪定罪处罚。实际上，两罪存在着一般和特殊的关系，运输毒品在客观上必然表现为非法持有毒品的行为，存在一定的竞合关系。不能以是否在运输环节起获毒品而确定，而应重点考量行为人运输的目的和意图。动态非法持有毒品和运输毒品在客观方面虽都存在使毒品产生位移的特征，但行为人的主观目的和意图是不尽相同的。不能认为凡是在运输工具上或候车场所上携带毒品都是运输毒品，也不能以起获毒品是否在运输环节来区分。 认定运输毒品罪，就必须查明行为人为什么运输毒品、为谁运输毒品，把毒品运到什么地方给什么人。承认运输毒品罪的“运输”具有目的性这一特殊刑法含义，才能有效解决对于动态持有毒品行为的定性困惑。在不能有效证明行为人没有运输毒品主观故意的情况下，即认定其犯有运输毒品罪，属于有罪推定。
毒品在静止状态下，如果没有证据证明行为人持有毒品是为了进行运输或是在正处于运输过程中或是为了实施其他毒品犯罪，则构成非法持有毒品罪。毒品在运输状态下，如果有证据证实行为人是为了自己吸食或为他人代买仅用于吸食的毒品而使毒品处于运输过程中的，或者根据已查获的证据，无法证实行为人是实施运输毒品犯罪或实施其他毒品犯罪的，应当以非法持有毒品罪论处。
