中级法院管辖三类特殊案件：1、专利、海关案件，即有关确认发明、专利权及海关处理的案件。因为专利、海关设置特殊，一般的行政机关全国普遍设置，专利、海关机关只设在业务需要的地方，另外专利、海关有一些专业性技术要求，所以需要提高审级。2、省、部级行政机关为被告的行政诉讼。被告的行政级别较高（省一级、国务院各部委、各直属机构），所以客观上基层法院管辖比较难，需要提高审级。3、重大复杂的案件，即影响重大、案情复杂的案件。
最高法院2000年司法解释对“重大复杂”进一步界定，以下几类案件属于重大复杂：1、被告为县级以上人民政府，且基层法院不适于审理。省、部级行政机关为被告的，属于法定的中级人民法院管辖；省、部级以下、县级以上行政机关为被告的，由中级法院管辖是可能性，其还有一个基层法院不适于审理的条件。2、集团诉讼、共同诉讼。现实活动中，一个行政行为为了公共利益，可能涉及到很多人，很多人都起诉，则涉及到集团诉讼、共同诉讼。多人诉讼较为复杂，所以提高审级。3、重大的涉外案件，以及涉及到香港、澳门特别行政区和我国台湾地区的案件。4、其他重大复杂案件。例，行政诉讼受案范围扩展到国际贸易行政案件，如反补贴、反倾销等，此种案件涉及国际贸易，涉外，所以由中级法院管辖。例，诉讼标的比较大的，其考虑问题较多，所以可能属于其他重大复杂案件范畴。
